Горные породы, среди которых проложено русло реки Губерли, - одни из древнейших на Земле, они представляют собой разнообразные сланцы протерозойской эры. В результате эрозионного разрушения эти сланцы образуют живописные скальные скульптуры, напоминающие диковинных птиц и зверей. На сланцах еще в древние времена поселился Карагайский сосновый бор - самый южный форпост сосны на Урале. В глубине ущелья, под скалами, сохранился удивительный мир реликтовых растений: папоротников, мхов, лишайников.

Ущельеобразный участок в верховьях Губерли тянется почти на 20 километров, до так называемых Каменных ворот, через которые в узкой теснине, часто меняя направление течения, пробивается река. Лучшим решением дальнейшей судьбы этого уникального уголка оренбургской природы является создание здесь регионального природного парка.